Gli isoacil-dipeptidi sono nuovi strumenti eccezionali per il potenziamento dell'efficienza sintetica nella Fmoc SPPS. La sostituzione di Aaa-Ser o Aaa-Thr in una sequenza peptidica con un isoacil-dipeptide determina la formazione di un depsipeptide analogo della sequenza nativa in cui il legame ammidico tra Aaa e Ser o Thr viene sostituito da un legame estere. Questa modifica dà luogo a una notevole variazione della conformazione della catena peptidica che determina l'interruzione dell'aggregazione in modo molto simile a quanto accadrebbe con l'inserzione di una pseudoprolina o di un residuo N-Dmb/Hmb. Tuttavia, i reali benefici dell'impiego di isoacil-dipeptidi divengono evidenti quando il peptide viene rilasciato dalla fase solida. A differenza di quanto avviene con le pseudoproline, quando si impiegano gli isoacil-dipeptidi il prodotto del clivaggio è il depsipeptide, non la sequenza peptidica nativa. È stato osservato che gli analoghi depsipeptidici di peptidi inclini all'aggregazione sono più solubili e, quindi, più facilmente purificabili rispetto al peptide nativo altamente strutturato.

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